西医学认为，本病由病毒感染所致。主要病原为C-A16病毒(柯萨奇病毒)和E71病毒(肠道病毒)。也可由A5、A10等病毒引起流行。本病主要通过唾液飞沫传染，也可通过手、物品为媒介经口传染。病毒由呼吸道或口腔至消化道侵入局部黏膜，在该处上皮细胞以及口因部或肠壁淋巴组织居留和增殖，可由此从口咽分泌物或粪便中排出，并可由原发病灶经淋巴通道扩散至局部淋巴结以及经血循环带至其他器官如皮肤黏膜等，在该处增殖引起相应的临床表现。

　　中医学认为，本病由湿热疫毒为病。患儿外感时邪，内蕴湿热，留于肺脾心三经，内外合邪，发而为病。病邪由口鼻而人，口鼻为肺胃之通道，肺主皮毛，故初起邪毒犯肺；舌为心之苗，足太阴脾经上行挟咽，连舌本，散舌下，邪毒循经上攻则见口舌疱疹；脾主四肢，脾主肌肉，邪透肌表故疹发手足。总之本病外因为时邪疫毒，内因为湿热，病位在心肺脾三经。